صدها نوع پنیر مختلف وجود دارد. ایجاد انواع و طعم های مختلف پنیرها به دلیل استفاده از گونه های مختلف باکتریها، میزان متفاوت چربی شیر، تفاوت در زمان رسیدن پنیر، فرآیندهای مختلف پنیرسازی (چدار کردن، کشیدن، قالب زدن و شستن قالب) و گونه های مختلف گاو، گوسفند و یا دیگر پستانداران می باشد، عوامل دیگر شامل رژیم غذایی حیوان و افزودن طعم دهنده هایی مانند آویشن، ادویه یا دود چوب می باشد. اینکه شیر، پاستوریزه شده باشد یا نه، نیز می تواند بر روی طعم پنیر تاثیر بگذارد.

پنیر سوئیسی

به انواع پنیرهایی که اولین بار در کشور سوئیس تهیه شده اند، پنیر سوئیسی اطلاق می شود. این نوع پنیرها شکل خاصی دارند و در وسط قالب این پنیرها سوراخی وجود دارد (البته تمام پنیرهای سوئیسی بدین شکل نمی باشند).

کشور سوئیس ۴۵۰ نوع پنیر مختلف تولید می کند که این پنیرها را به ۵ طبقه تقسیم می کنند:

۱- پنیرهای خیلی سفت

۲- پنیرهای سفت

۳- پنیرهای نیمه سفت

۴- پنیرهای نیمه نرم

۵- پنیرهای نرم

معمولا در ۹۹ درصد از پنیرهای سوئیسی از شیر گاو استفاده می کنند و برای تهیه یک درصد باقیمانده از شیر بز یا گوسفند استفاده می شود.

در تهیه یکی از انواع پنیر سوئیسی که سوراخ دار است از سه نوع باکتری استفاده می کنند. استرپتوکوکوس ترموفیلیس، لاتوباسیلوس و پروپیونی باکتر شرمان. در مرحله آخر تهیه پنیر، باکتری شرمانی اسید لاکتیکی را که باکتری های دیگر تولید نموده اند مصرف کرده  گاز دی اکسید کربن آزاد می کند که این گاز تولید حباب هایی می کند که به شکل سوراخ های متعدد در پنیر به چشم میخورند. هنگامی که پنیر را ورقه کنیم، این سوراخ ها کاملا دیده می شوند. به دلیل وجود این سوراخ ها، صنعت تولید پنیر به این دسته پنیرها لقب پنیرهای چشم دار داده است. پنیرهای سوئیسی که چنین سوراخ هایی نداشته باشند به پنیرهای کور معروفند.