پروتئین

در بین دیگر اعضای خانواده لبنیات، پنیر دارای بیشترین میزان پروتئین می باشد. پروتئین موجود در پنیر از کیفیت خوبی برخوردار بوده و تقریبا دارای تمامی اسید آمینه های ضروری مورد نیاز بدن است.

کازئین، پروتئین اصلی پنیر می باشد، با این حال پروتئین های محلول در آب شیر (مانند لاکتالبومین و لاکتاگلوبولین) نیز بسته به میزان آب پنیری که در داخل آن باقی می ماند، در پنیر وجود دارند. پروتئین موجود در پنیر، آماده هضم می باشد زیرا برخی از پروتئین ها در حین فرآیند رسیدن پنیر، به پپتیدها و آمینو اسیدها شکسته می شوند.

کربوهیدرات

پنیر، به خصوص پنیر تازه حاوی قابل توجهی لاکتوز می باشد که کربوهیدرات اصلی شیر می باشد. اغلب پنیرهای رسیده حاوی حداقل (۱-۳ درصد) لاکتوز بوده و یا به علت خارج شدن آب پنیر و تبدیل لاکتوز باقی مانده به اسید لاکتیک و دیگر اسیدها در طول فرآیند رسیدن پنیر، فقط لاکتوز می باشند. در فرآیند رسیدن پنیر، با گذشت ۲۱ تا ۲۸ روز زمان، لاکتوزی در پنیر رسیده باقی نخواهد ماند. در پنیرهای تازه (مانند پنیر روستایی) ۱۵ تا ۲۰ درصد لاکتوز در مدت زمان چند ساعت به اسید لاکتیک و دیگر اسیدها تبدیل می شوند. افراد مبتلا به بیماری عدم تحمل لاکتوز که قابلیت هضم لاکتوز را ندارند، نباید پنیر تازه مصرف کنند لیکن پنیرهایی مانند چدار و پنیرهای رسیده را می توانند مصرف کنند.

ویتامین ها

میزان ویتامین پنیرها بر حسب شیر مورد استفاده و فرآیند تولید متفاوت می باشد. از آن جایی که اغلب میزان چربی موجود در شیر، در دلمه باقی می ماند، پنیر حاوی ویتامین های محلول در چربی شیری است که پنیر از آن گرفته می شود.

پنیر چدار تولید شده از شیر کامل حاوی ۱۰۵۹ واحد بین المللی ویتامین A در ۱۰۰ گرم می باشد در حالی که پنیر روستایی خشک تهیه شده از شیرخشک بدون چربی تنها حاوی ۳۰ واحد ویتامین A در ۱۰۰ گرم می باشد. از آنجایی که ویتامین های محلول در آب مانند (B1 و B2 و B3 و پانتوتنیک اسید و ویتامین B6 و فولات) در آب پنیر باقی می مانند، آنها به میزان آب پنیری بستگی دارد که در داخل پنیر باقی می ماند.

چربی

چربی موجود در پنیر، عامل اصلی ایجاد طعم و بافت آن می باشد و به همین دلیل مشتریان به مصرف پنیرهای پر چرب تمایل بیشتری دارند. پنیرها به علت نوع شیر (شیر کامل، شیر کم چرب و شیر بدون چربی) و محصول لبنی مورد استفاده در تهیه پنیر (مانند خامه)، از نظر میزان چربی تنوع بسیار زیادی دارند.

۳۰ گرم پنیر چدار حاوی ۹ گرم چربی، ۶ گرم چربی اشباع و ۳۰ میلی گرم کلسترول می باشد. در حالی که در ۱۲۰ گرم پنیر  چدار بدون چربی، ۵/۰ گرم چربی، ۳/۰ چربی اشباع و ۸ میلی گرم کلسترول می باشد.

محققان، تکنولوژی ها، فرآیندها و ترکیباتی را به کار برده اند تا کیفیت پنیرهای کم چربی را بهبود دهند. پنیری که به عنوان پنیر کم چرب نامیده می شود، باید حداکثر ۳ گرم چربی در ۳۰ گرم داشته باشد.

مواد معدنی

اگر چه میزان مواد معدنی پنیرهای مختلف به روش های تولید پنیر بستگی دارد. پنیرها منبع خوبی از مواد معدنی می باشند. پنیر یکی از منابع اصلی کلسیم می باشد. میزان کلسیم موجود در پنیر به اسیدیته مرحله انعقاد و میزان خارج شدن آب پنیر از لخته بستگی دارد. در پنیر رسیده تهیه شده از شیر کامل که با آنزیم لخته شده است (مانند پنیر چدار، سوئیسی و برایک) کلسیم و فسفر به مقدار زیادی در لخته باقی می ماند. در حالی که در پنیرهایی که تنها با اسید، دلمه می شوند (مانند پنیر روستایی)، تنها مقدار کمی از کلسیم در لخته باقی می ماند. زیرا نمک های کلسیم از کازئین جدا می شود. پنیرهای چدار حاوی ۷۲۱ میلی گرم کلسیم در ۱۰۰ گرم می باشد. در کل، پنیرهایی که دارای میزان کلسیم بالایی می باشند، دارای مقادیر قابل توجهی از املاح دیگر مانند فسفر و منیزیم نیز خواهند بود.

میزان سدیم پنیرها با توجه به مقدار نمک افزوده شده به آن در حین فرآیند تولید متفاوت می باشد. در کل پنیرهای طبیعی مانند سوئیس (۷۴ میلی گرم سدیم در هر ۲۸ گرم) و چدار (۱۷۶ میلی گرم در هر ۲۸ گرم) حاوی مقادیر کمتری سدیم نسبت به دیگر پنیرهای فرآوری شده (۴۰۰ میلی گرم سدیم در هر ۲۸ گرم) می باشند. همچنین پنیرهایی که از شیرهای خام تولید میشوند، میتوانند عفونت های جدی مانند لیستریوز، تب مالت، سالمونلوز و سل را نیز ایجاد نماید. لذا بهتر است پنیری که از شیر خام تهیه می شود، حداقل به مدت ۶۰ روز رسانیده شود.